Sebelum Pengadilan Tata Usaha Negara Pontianak terbentuk, wilayah hukum Pengadilan Tata Usaha Negara Pontianak masuk dalam wilayah hukum Pengadilan Tata Usaha Negara Jakarta. Pada tanggal 3 Juli 1992, Presiden Republik Indonesia menerbitkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 41 Tahun 1992 tentang Pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara di Pontianak, Banjarmasin dan Menado. Berdasarkan Keputusan Presiden tersebut, selanjutnya diresmikanlah pengoperasian gedung Pengadilan Tata Usaha Negara Pontianak pada tanggal  6  Januari  1993  oleh Menteri Kehakiman  H. ISMAIL  SALEH, SH.

Pasal 1 Keputusan Presiden Republik Indonesia  Nomor 41 Tahun 1992 tentang Pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara di Pontianak, Banjarmasin dan Menado diantaranya menyatakan tentang pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara Pontianak, yang berkedudukan di Pontianak. Sedangkan Pasal 2 ayat (1) Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 41 Tahun 1992 tentang Pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara di Pontianak, Banjarmasin dan Menado menyebutkan Daerah Hukum Pengadilan Tata Usaha Negara Pontianak meliputi seluruh wilayah Kabupaten dan Kotamadya Daerah Tingkat II yang terdapat dalam wilayah Propinsi Daerah Tingkat I Kalimantan Barat.

Sejak awal terbentuknya hingga saat ini, Pengadilan Tata Usaha Negara Pontianak menempati Gedung sendiri, yang terletak di Jalan Ahmad Yani Nomor 10 Pontianak, yang bersebelahan dengan Pengadilan Militer dan Pengadilan Agama.